根據(jù)您的描述，您在外匯申報中修改了付款人的國家，但是修改還未通過審核，而今天下午就要進行報關(guān)。在這種情況下，雖然我無法給出具體的影響結(jié)果，但是可以提供一些常見的情況以供參考。

1. 報關(guān)影響：付款人國家的修改可能會引起報關(guān)資料的不一致，可能導致報關(guān)單被退回或無法及時申報。您需要及時與報關(guān)企業(yè)或報關(guān)人員溝通，讓他們了解修改過的情況，并處理可能的變更手續(xù)。他們可以更好地幫助您解決報關(guān)相關(guān)的問題。

2. 退稅影響：如果您的出口屬于適用退稅政策的范圍，外匯申報信息的不一致可能會對退稅申請造成影響。退稅部門通常會核對相關(guān)支付信息和報關(guān)資料，以確認退稅資格。因此，建議您在提交退稅申請時，提供準確的外匯申報信息，以避免可能的退稅延遲或拒絕。

綜上所述，我建議您盡快聯(lián)系報關(guān)企業(yè)或報關(guān)人員，告知他們您對付款人國家進行了修改，并與他們共同協(xié)調(diào)解決可能的問題。同時，您還可以咨詢外匯管理部門以獲取更準確的指導和建議。

沒明白你的意思，這個系統(tǒng)修改一般要三天時間才會變成新改的數(shù)據(jù)。不知道是你說的在系統(tǒng)里都操作了，是操作了些什么內(nèi)容。一般都報關(guān)的出口退稅影響不大，在看具體是什么情況。